La profilassi dell'endocardite batterica è un tipo di trattamento che viene eseguito dai pediatri con una discreta frequenza, soprattutto nei soggetti che abbiano gravi alterazioni cardiache o che siano stati sottoposti a interventi di correzione di malformazioni cardiache. Un trattamento di prevenzione, come si sa, può essere di tipo continuo, come nella prevenzione delle ricadute della malattia reumatica, o, più spesso, viene eseguito saltuariamente in occasione di interventi, anche di lieve entità.

Dal 1955 le linee guida per la profilassi dell'endocardite batterica sono state riviste per ben 7 volte. L'ultima raccomandazione dell'American Hearth Association risale al 1997.

Queste raccomandazioni sottolineano che l'incidenza dell'endocardite batterica (EB) dopo la maggior parte degli interventi sui denti o di chirurgia generale, è da considerarsi bassa, tanto è vero che la maggior parte delle EB non può essere attribuita a procedure chirurgiche di qualsiasi genere. Vi è d'altra parte una generale tendenza all'uso eccessivo di antibiotici, grazie al quale è facile la comparsa di ceppi resistenti e l'aumento non necessario dei costi e delle reazioni avverse.

Va in primo luogo ricordato che fra le tante situazioni cardiache che richiedono una profilassi, non tutte hanno la stessa importanza. Esse vengono infatti suddivise in situazioni a rischio elevato, a rischio moderato e infine a rischio trascurabile, sulla base della diversa incidenza delle EB. I soggetti a maggior rischio sono quelli con protesi valvolari cardiache, con storia precedente di endocardite, con malattie congenite complesse e cianotizzanti, con shunt o condotti sistemico-polmonari, artificialmente indotti. In tutte queste condizioni l'uso della profilassi è sicuramente indicata.

Il prolasso della mitrale occupa un posto a sé stante. Viene infatti riconosciuto che solo una piccola parte dei pazienti con prolasso della mitrale sviluppa una EB: sono quelli con i prolassi più consistenti, che permettono un ampi rigurgiti, come dimostrato dalla presenza di click e di soffi ben udibili (utile in questi casi la metodica Doppler). Rappresenta un'indicazione anche la presenza di una valvola mitrale mixomatosa, con rigurgito.

In generale la profilassi è indicata per procedure che si associno a sanguinamenti dai tessuti molli o duri, come la chirurgia periodontale, la pulizia dei denti dal tartaro o comunque qualsiasi intervento di tipo professionale sui denti. Nei casi in cui il sanguinamento non sia prevedibile, la profilassi va praticata entro 2 ore e non oltre le 4 dall'intervento. 

La profilassi va anche praticata in caso di tonsillectomia o di adenoidectomia, come per interventi che interessino la mucosa respiratoria o che richiedano la broncoscopia con tubo rigido. Non viene considerata a rischio l'endoscopia gastrointestinale, la biopsia della mucosa, la biopsia profonda, la polipectomia e la sfinterectomia. Nella chirurgia a carico dell'intestino la profilassi con antibiotici è sempre indicata, specialmente nei pazienti a rischio. Analogamente ci si comporta per la procedure diagnostiche o chirurgiche a carico del tratto genito-urinario.

Nelle nuove linee guida ci sono anche cambiamenti a proposito del tipo di antibiotico e delle dosi. Per procedure a carico dei denti, della bocca, della vescica urinaria e dell'esofago, il regime profilattico standard è stato ridotto da 3 a 2 g di amoxicillina (per i bambini 50 mg/kg), da dare un'ora prima della procedura. Non viene più usata una seconda dose.

Per i soggetti allergici alla penicillina, viene consigliata la clindamicina o una cefalosporina di 1° generazione o l'azitromicina o la claritromicina. L'eritromicina non viene più raccomandata.

Per i pazienti appartenenti alla categorie ad alto rischio, come per soggetti che vengano sottoposti a procedure a carico dell'apparato gastrointestinale o delle vie urinarie, viene preferita la via parenterale, con ampicillina + gentamicina o vancomicina + gentamicina.